Если работодатель не удержал налог, хотя должен был, и налоговики это обнаружили, то работник не пострадает — НДФЛ будет платить налоговый агент за счет собственных средств.
То есть, с зарплаты сотрудника лишний процент не возьмут, а вот работодатель, если ошибется в расчетах, заплатит.