Алгоритм простой.
Налоговая изучает информацию по самозанятым через «Мой налог» — чеки, суммы платежей, контрагенты. Если видит подозрительные закономерности, узнает подробности. Например, самозанятый выставляет чек на фиксированную сумму два раза в месяц одной и той же компании — для налоговой это сигнал узнать, не скрываются ли здесь трудовые отношения.
Дальше инспекция запросит сведения о движении денег по расчетному счету компании у банков. Если подтвердится, что компания стабильно выплачивает самозанятому одну и ту же сумму, будет разбираться дотошнее — устроит проверку.